O UniFAMESC possui parceria com o governo federal através do FIES.
O Fundo de Financiamento ao Estudante do Ensino Superior (FIES) é um programa do Ministério da Educação criado em 1999 para financiar a graduação de estudantes matriculados em instituições de ensino superior não gratuitas. Desde sua criação, o FIES vem passando por importantes mudanças com o objetivo de ampliar cada vez mais o acesso ao ensino superior. Recentemente, em 2010, o fundo passou a operar com várias inovações que facilitaram a tomada de financiamento por parte do estudante.
Os juros baixaram para 3,4% ao ano, o período de carência passou de seis para 18 meses, a contratação agora acontece em fluxo contínuo e o prazo para quitação do saldo devedor passou a ser de três vezes o período do curso financiado.
A Secretaria da Educação Superior do Ministério da Educação é o agente supervisor do programa, sendo o órgão responsável pela formulação da política de oferta de financiamento e supervisão da execução das operações do fundo.
